La fauna ipogea comprende quelle specie di animali che hanno attinenza con l'ambiente ipogeo, ma si esamineranno solo quelle entità prossime all'ambiente speleologico, senza tralasciare le forme caratteristiche dell'ambiente endogeo, situato nei massicci calcari o ad esso limitrofo.

Ogni autore propone una suddivisione personalizzata di questi fattori, ma in tutte è sempre presente la catena alimentare: può essere benissimo l'unica voce.
Ampliando la tematica si possono toccare i vari sottotitoli come la flora batterica, il rapporto tra preda e predatore, cicli ecologici intermedi, l'apporto esogeno ecc,

In un ecosistema si trovano vari spazi in cui un organismo può vivere (es. l'acqua di una pozza, il fango del terreno, le pareti di caverna). Ogni organismo vive quindi in una ben determinata parte dell'ecosistema, si dice che ha il suo habitat. Come una persona ha il suo specifico indirizzo nella città dove abita, così ogni essere vivente ha il proprio habitat nell'ecosistema.